Cừu Navajo-Churro có nguồn gốc từ một phép lai chéo giữa các con cừu Churra, một giống cừu Iberia cổ xưa và Cừu Jacob, một giống được tìm thấy trong lịch sử Kinh Thánh cổ xưa. Các con cừu Churra (được đổi tên Churro bởi những người định cư đầu tiên Mỹ) lần đầu tiên được nhập khẩu vào Bắc Mỹ vào ngày 16 thế kỷ và được sử dụng để nuôi quân đội và người định cư Tây Ban Nha. Vào thế kỷ 17 chúng đã được phổ biến với những người định cư Tây Ban Nha ở phía trên Rio Grande Valley. Bầy churros cũng đã được mua lại bởi người Navajo thông qua giao dịch hoặc qua những lần cướp bóc. Các con cừu Churro sớm trở thành một phần quan trọng của nền kinh tế Navajo và văn hóa bản địa của họ

Một loạt các biện pháp từ chính phủ Hoa Kỳ cắt giảm bầy chính phủ tài trợ và lai giống hao các bầy của Navajo cho đến khi cừu Churro gần như biến mất. Phục hồi các giống bắt đầu vào những năm 1970 khi các nhà lai tạo bắt đầu mua những con cừu Churro kiểu hình với mục đích bảo tồn các giống và đem lại sức sống cho người Navajo và con chiên Tây Ban Nha. Trong khi các giống Navajo-Churro không còn nguy cơ tuyệt chủng, Navajo-Churro vẫn được coi là một điều hiếm có.